土壌汚染調査が必要なケース|法3条・4条・自主調査を整理
著者・監修: 依田尚人(YDAIコンサルティング株式会社 代表)
土壌汚染調査が必要なケース|法3条・4条・自主調査を整理
土壌汚染調査が法定で必要になるかは、施設廃止、土地の形質変更に伴う調査命令、健康被害のおそれに基づく調査命令のいずれかに当たるかを、任意の調査と分けて確認します。土地売買や解体の予定があるだけで、直ちに同じ調査義務が生じるわけではありません。土地の経緯、予定する工事、行政からの通知、調査結果を何に使うかを順番に整理することが出発点です。
法定の契機に基づく調査は、指定調査機関に行わせる必要があります。一方、法律の調査契機に当たらない任意の調査では、法律上の実施主体の限定は置かれていません。ただし、任意の調査結果を区域指定の申請に使う場合には、調査方法にも条件があります。
根拠・確認日:土壌汚染対策法(平成14年法律第53号)および土壌汚染対策法施行規則(平成14年環境省令第29号)は、現行版の最終改正施行日が2026年7月1日です。本文の条文は2026年9月5日に確認しています。
土壌汚染調査が必要になる入口とは
土壌汚染状況調査とは、特定有害物質による土壌の汚染の状況を調べることです。どの入口に当たるかで、届出、調査命令、依頼先、期限の確認順が変わります。

| 確認する入口 | まず確認すること | 次に行う確認 |
|---|---|---|
| 施設を廃止する | 有害物質使用特定施設に当たるか | 土地の所有者等、報告期限、指定調査機関 |
| 土地を改変する | 面積、土壌の扱い、着手予定日 | 届出の要否と行政判断 |
| 健康被害のおそれ | 行政から命令や通知があるか | 指定調査機関による調査 |
| 任意に調べる | 売買、利用変更などの目的 | 結果の使い方と区域指定申請の要否 |
有害物質使用特定施設を廃止する場合
有害物質使用特定施設とは、水質汚濁防止法上の特定施設で、特定有害物質を製造、使用または処理するものをいいます。該当する施設の使用を廃止したときは、その敷地であった土地の所有者等が、指定調査機関に土壌の調査を行わせ、都道府県知事へ結果を報告します。
報告期限は、廃止日などから120日以内です。これは調査を始める期限ではなく、報告の期限です。土壌汚染対策法第3条および同施行規則第1条を2026年9月5日に確認しています。
個別の業種や施設がこの施設に当たるかは、サイト上で決められません。特定有害物質の取扱いを届け出ている場合は、廃止時に調査の契機になるため、所在地を所管する自治体窓口で確認してください。引き続き一定の用途に使う土地では、知事の確認を受けて調査・報告を一時的に免除される場合がありますが、義務がなくなるという意味ではありません。
土地の形質変更や健康被害のおそれがある場合
土地の形質の変更とは、掘削などにより土地の形状や性質を変える行為を指します。3,000平方メートル以上の土地を形質変更する場合は、原則として着手日の30日前までに届出が必要です。ただし、届出をしたことだけで調査が必ず必要になるわけではなく、知事が汚染のおそれを認めて調査を命じたときに、指定調査機関による法定調査になります。土壌汚染対策法第4条と同施行規則第22条・第26条を2026年9月5日に確認しています。
法第5条は、施設廃止や一定規模の形質変更とは別に、地下水の汚濁や立入り可能性など、健康被害のおそれに関する要件を満たす土地で知事が調査を命ずることができる仕組みです。環境省の令和6年度の公表では、法第5条による調査結果の報告は0件、制度開始からの累計は6件でした。件数だけで判断せず、通知を受けた場合は要件と対応を確認します。環境省の令和6年度調査結果は2026年4月23日公表、2026年9月5日確認です。
法定調査と任意の調査で依頼先が変わる理由
法定調査と任意の調査は、同じように土を採取して分析する場面があっても、法令上の位置づけと結果の扱いが異なります。費用や依頼先を比べる前に、どちらの調査かを明確にします。

指定調査機関に行わせる法定調査
法第3条第1項・第8項、法第4条第2項・第3項、法第5条第1項に基づく調査は、条文上、指定調査機関に調査させる仕組みです。指定調査機関は、環境大臣または都道府県知事の指定を受けた機関をいいます。
環境省の一覧では、2026年8月31日現在、指定調査機関は659機関、事業所は799と公表されています。機関数と事業所数は別の単位として確認しましょう。環境省「土壌汚染対策法に基づく指定調査機関」を2026年9月5日に確認しています。
指定調査機関の名称だけで、個別案件に必要な調査範囲や行政との役割分担が決まるわけではありません。法定の入口、土地の場所、工事予定、求められる報告を整理したうえで、依頼先に確認する情報をそろえることが大切です。特定の調査会社を推奨するのではなく、法定調査に該当するかを先に確認します。
任意の調査で先に決める利用目的
土地売買、利用変更、社内のリスク確認などを目的に、法律の調査契機に当たらない任意の調査を行うことがあります。この場合、法律上の実施主体の限定は置かれていませんが、調査結果を法第14条の区域指定申請に使う場合は別です。所有者等全員の合意が必要で、知事が調査を公正かつ法第3条第1項の環境省令で定める方法により行われたものと認めることが要件です。土壌汚染対策法第14条と同施行規則第55条を2026年9月5日に確認しています。
そのため、任意の調査を始める前に、売買のための情報確認なのか、行政上の区域指定を申請する可能性があるのかを決めます。後から結果の使い方を変えると、必要な採取地点、分析結果、記録の確認をやり直す可能性があります。個別の契約や申請の判断は、自治体窓口や専門家へ相談してください。
判断前に整理する情報
調査の入口を判断するときは、土地の名称や面積だけで結論を出しません。土地の経緯、予定工事、期限、行政から受けた書類を同じ表で確認すると、届出と調査の順番を取り違えにくくなります。

土地の経緯、予定工事、期限を一枚に整理する
まず、過去にどのような工場や事業場として使われていたか、施設の廃止や利用変更がいつあったかを確認します。次に、掘削する場所、面積、深さ、土壌を敷地外へ搬出する予定があるかを、工事計画から拾います。最後に、着手予定日、売買の予定日、行政から届いた通知の有無を並べます。
この整理は、調査義務を自分で断定するためのものではありません。相談時に事実関係を共有しやすくし、自治体窓口や指定調査機関に確認すべき点を明確にするための方法です。古い地図や登記の資料、工事図面、届出書類の控えがある場合は、作成日と確認日が分かる状態で保管します。
確認が遅れた場合に分けて考えること
届出が必要な段階と、調査命令を受けた段階は同じではありません。予定工事が近いほど、何を提出するかだけでなく、今どの段階にいるかを分けて確認する必要があります。

届出と調査命令の段階を混同しない
法第4条では、一定規模以上の形質変更について届出を行い、その後、知事が汚染のおそれの基準に当たると認める場合に調査命令を出すことができます。届出の準備では、着手予定日から30日前という期限、変更する場所と面積、土壌の扱いを確認します。調査命令を受けた場合は、調査を指定調査機関に行わせ、結果を報告する段階へ進みます。
届出をしないまま形質変更に着手した場合と、調査命令に従わない場合では、条文上の扱いも異なります。罰則だけを切り離して判断せず、届出の要否、行政からの命令の有無、必要な対応の順に確認してください。自治体ごとの届出様式や条例の個別要件は、所在地の自治体窓口で確認します。
よくある質問
土壌汚染調査の必要性は、取引や工事の名称ではなく、法令上の契機と土地の状況から確認します。個別の事情がある場合は、所管窓口へ事実関係を伝えて確認しましょう。

土壌汚染調査は土地売買だけで必要になりますか
土地売買そのものは、土壌汚染対策法第3条、第4条、第5条の調査契機ではありません。施設廃止、土地の形質変更、健康被害のおそれに関する条件と分けて確認します。根拠となる土壌汚染対策法第3条から第5条は、2026年9月5日に確認しています。
4条の届出をすると必ず調査が必要ですか
必ず必要になるわけではありません。法第4条の届出と、知事が汚染のおそれを認めて出す法第4条第3項の調査命令は別の段階です。土壌汚染対策法第4条と同施行規則第22条・第26条を2026年9月5日に確認しています。
誰に最初の確認を相談すればよいですか
個別の土地が法令上の条件に当たるかは、所在地を所管する自治体窓口に確認します。法定調査に当たる場合は、指定調査機関への依頼を検討します。指定調査機関の制度と一覧は環境省「土壌汚染対策法に基づく指定調査機関」で2026年9月5日に確認できます。
まとめ
土壌汚染調査は、施設廃止、形質変更、健康被害のおそれ、任意の調査という入口を分けると、確認すべき相手と順番が見えやすくなります。法定調査では指定調査機関が必要であり、任意の調査でも結果の使い方によって求められる条件が変わります。土地の経緯と工事計画を整理し、個別の該当性は所管の自治体窓口や専門家へ確認してください。
調査義務や届出に関する記事は、法令・制度解説で一覧できます。
出典
- 土壌汚染対策法(平成14年法律第53号)〔e-Gov法令検索〕(laws.e-gov.go.jp)
- 土壌汚染対策法施行令(平成14年政令第336号)〔e-Gov法令検索〕(laws.e-gov.go.jp)
- 土壌汚染対策法施行規則(平成14年環境省令第29号)〔e-Gov法令検索〕(laws.e-gov.go.jp)
- 環境省「令和6年度 土壌汚染対策法の施行状況及び土壌汚染調査・対策事例等に関する調査結果について」(env.go.jp)
- 環境省「土壌汚染対策法に基づく指定調査機関」(env.go.jp)
著者・監修
依田尚人YDAIコンサルティング株式会社 代表
依田尚人は YDAIコンサルティング株式会社 代表。土壌汚染対策法の調査義務・費用相場・指定調査機関制度について、e-Gov・環境省等の公開情報を一次ソースまで確認する工程を標準として、本サイトの記事を設計・監修しています。
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